Modèle de rupture anticipée d`un cdd

February 15, 2019

Les alignements de séquences multiples fournissent une base pour les modèles de domaine conservés fonctionnalités/sites conservés: en plus de travailler sur le modèle d`alignement (illustration), les conservateurs NCBI enregistrent également, si possible, l`emplacement et la nature des entités conservées dans le domaine Famille. Typiquement, ceux-ci décriraient les résidus catalytiques, les sites de liaison ou les motifs communément mentionnés dans la littérature. structures tridimensionnelles et motifs de base conservés: les curateurs de domaines conservés de NCBI ont réévalué et modifié des alignements de séquences multiples importés de sources extérieures, et les ont rendus d`accord avec ce que nous pouvons déduire de la structure tridimensionnelle et superposition de structure tridimensionnelle. Les alignements sélectionnés contiennent des blocs alignés couvrant toutes les lignes (sans interstices autorisés à l`intérieur des blocs) et des régions non alignées entre les blocs. Les blocs sont destinés à représenter les motifs de base structuraux conservés de la famille de domaine correspondante. Les structures 3D peuvent être visualisées de manière interactive avec le programme de visualisation de la structure Cn3D. Plus d`informations sur les structures d`affichage sont fournies dans la section de ce document sur des pages récapitulatives de CD, et l`illustration à droite fournit un exemple d`une structure de protéine qui a été annotée par les conservateurs de NCBI pour comprend les résidus de liaison de cl. (Cliquez sur l`illustration pour ouvrir l`enregistrement interactif courant pour le modèle de domaine de canal de chlorure de tension-contrôlé, cd00400, dans la base de données de domaine conservée (CDD). De là, vous pouvez ouvrir une version interactive de la structure 3D, avec des annotations de fonctionnalité conservées, dans le programme de visualisation de structure Cn3D gratuit.) CDD enregistrement (CD Résumé page): quelles informations sont affichées pour chaque modèle de domaine? DÉTAILS supplémentaires: si plusieurs modèles de domaine classés par NCBI s`alignent sur un intervalle donné sur une séquence de protéine de requête et passent les deux critères ci-dessus, le modèle de notation la plus élevée est le hit spécifique et les autres modèles sont répertoriés comme des hits non spécifiques. Le modèle de notation le plus élevé est en général celui avec la meilleure valeur E, mais si deux ou plusieurs modèles ont la même valeur E, alors leur score de bit est utilisé pour briser la cravate.

Par exemple, les résultats de recherche de CD pour la séquence de protéines NP_229631 montrent plusieurs domaines organisés par NCBI alignés sur la même région de la requête. Les domaines les mieux classés par NCBI sont cd05297 (GH4_alpha_glucosidase_galactosidase) et cd05197 (GH4_glycoside_hydrolases), tous deux ayant une valeur E de 2e-169 (au 08 mars 2010). Cependant, le score de bit pour le hit à cd05297 (590,69) est plus élevé que le score de bit pour cd05197 (590,65), ainsi cd05297 est affiché dans les résultats de recherche de CD comme le hit spécifique et cd05197 est affiché comme un hit non spécifique. Dans le cas improbable où le score binaire est insuffisant pour briser la cravate, un seul Hit est choisi aléatoirement pour être un hit spécifique. (Note: le score de bit d`un CD-Search frappé à un modèle de domaine peut être vu en cliquant sur le plus (+) à gauche de son numéro d`accession dans le tableau “liste des hits de domaine” sur la page de résultats de recherche de CD.

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